Die Tradition der Protestanten in Lyon ist verzweigt und verknüpft mit dem Wandel der Stadt selbst. Im 16. Zeitalter erlebte Lyon eine Blüte des Calvinismus, wobei viele Händler und intellektuelle Persönlichkeiten sich dem neuen Gedanken zuwandten. Diese frühe Präsenz führte zu einer dynamischen reformierten Gemeinschaft, die jedoch auch bed